倒置顯微鏡中常用的觀察方法就是相差。由于這種方法不要求染色，是觀察活細胞和微生物的理想方法。在此提供各種聚光器來滿足需要，這種方法提供帶有自然背景色的、高對比度的、高清晰度的圖像。
使用：
（1）準備：將待觀察對象置于載物臺上。旋轉三孔轉換器，選擇較小的物鏡。觀察，并調節鉸鏈式雙目目鏡，舒適為宜。
（2）調節光源：推拉調節鏡體下端的亮度調節器至適宜。通過調節聚光鏡下面的光柵來調節光源的大小。
（3）調節像距：轉三孔轉換器，選擇合適倍數的物鏡；更換并選擇合適的目鏡；同時調節升降，以消除或減小圖像周圍的光暈，提高了圖像的襯度。
（4）觀察：通過目鏡進行觀察結果；調整載物臺，選擇觀察視野。
倒置顯微鏡日常維護及注意事項：
1.所有鏡頭表面必須保持清潔，落在鏡頭表面的灰塵，可用吸耳球吹去，也可用軟毛刷輕輕的撣去掉。
2.當鏡頭表面沾有油污或指紋時，可用脫脂棉蘸少許無水乙醇的混合液（3:7）輕輕擦拭。
3.不能用有機溶液清擦其它部件表面，特別是塑料零件，可用軟布蘸少量中性洗滌劑清擦。
4.在任何情況下操作人員不能用棉團、干布塊或干鏡頭紙擦試鏡頭表面，否則會刮傷鏡頭表面，嚴重損壞鏡頭，也不要用水擦試鏡頭，這樣會在鏡頭表面殘留一些水跡，因而可能滋生霉菌，嚴重損壞顯微鏡。
5.儀器工作的間歇期間，為了防止灰塵進入鏡筒或透鏡表面，可將目鏡留在鏡筒上，或蓋上防塵塞，或用防塵罩將儀器罩住。
6.微鏡盡可能不移動，若需移動應輕拿輕放，避免碰撞。
7.不允許隨意拆卸儀器，特別是中間光學系統或重要的機械部件，以免降低儀器的使用性能。
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