熒光顯微鏡是以紫外線為光源， 用以照射被檢物體， 使之發出熒光， 然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。
熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。 細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。
熒光顯微鏡的使用：
1、將材料片放在顯微鏡的載物臺上。
2、打開熒光顯微鏡穩壓器，然后啟動紫外燈，紫外燈15min內不得關閉，關閉后3min內不得再啟動。
3、將激發濾光片轉至v，分色片調到v，選用495或475nm阻擋濾光片。
4、選用uvFL40、uvFL100熒光接物鏡鏡檢。
5、在玻片上加無熒光油，先用40 x，再用100 x調焦鏡檢．呈現熒光。
6、因熒光物質受紫外光照射時隨時間的增長熒光逐漸變弱，因此鏡檢時應經常變換視野。
7、亦可用uvFL10或uvFL20低倍鏡鏡檢材料(用低倍鏡時不加無熒光油)。
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